coreserver の SSL が特殊すぎて(HTTPS 変数が常に OFF とか、ポートが常に 80 とか、共有サーバ経由だけど HTTP_HOST は共有サーバにならないとか)、Pydio が使用している SabreDAV が対応しきれないのが原因のようです。.htaccess の mod_rewrite の設定でどうにかならないかと二晩悪戦苦闘しましたが、どうやら SabreDAV をコードハックしないとダメそうな気配…。

URL にリポジトリ名やリポジトリ内のディレクトリ名まで全部指定すれば SSL でもアクセス可能なので、どうしても SSL でアクセスしたい場合は、面倒でも全部手で URL を書くという運用をするしかなさそうです。

https://ss1.coressl.jp/your-domain/pydio5/shares/my-files
https://ss1.coressl.jp/your-domain/pydio5/shares/my-files/your-directory

ちなみに、mod_rewrite における共有 SSL サーバ経由かどうかの判定は、REMOTE_ADDR が ss1.coressl.jp の IP アドレスかどうかをチェックするしかありません。

RewriteCond %{REMOTE_ADDR} ^202\.172\.28\.253$