結局、CSV ファイルの直接ダウンロードではなく、下記のようにクエリー付きで PHP にアクセスする必要があることが判明しました。これだと、何故か表頭部分にゴミが出ますが、Referer を設定するとゴミがなくなります。
http://acsearch.acis.famic.go.jp/famic/PhpPage/vtllg305-1.php?fname=../csvout/vtllg305-1.csv

なお、上記で得られる CSV ファイル(データ部 551 行)と、ウェブブラウザを操作して得られる CSV ファイル(データ部 580 行)ではまだかなり行数が異なります。が、Cookie やパラメータの受け渡し、Referer、User-Agent などを完全にエミュレートしても、なぜかウェブブラウザでダウンロードしたのと同じ CSV を取得することはできませんでした。
具体的に何が違うのかは確認していませんが、現在の spec.m_dokusei のデータ数(495件)から考えると、551 行でも問題はないのかなあという感じはします。

ってことで、新システムのダウンロードデータから spec.m_dokusei 相当のテーブルを作れるようにしてみました。下記からテーブル作成 SQL を取得できます。
http://macs.o-ya.net/data/spec.m_dokusei2.php
m_dokusei との違いは、次の３点です。
1. 毒劇除外条件を jogai フィールドに独立させた
2. 「ウワバルア」「ロウカルア」などのフェロモンの混合成分名が存在しない
3. 「脂肪酸グリセリド」は用途によって魚毒性が異なる（他にもあるかも）

＞kabe さん
spec.m_dokusei2 から spec.dokusei を作ることができますか？ これがうまく使えたとして、毒劇除外条件をいつも最新の状態にしておくためにはどうすれば良いのかという問題が残りますが…。