引用：この場合本来で有れば、<{$xoops_module_header}>をこれに
追加すればよい？いいえ。すでにちゃんとありますよね。
引用：<{if $xoops_module_header}><{$xoops_module_header}><{/if}>これって、$xoops_module_header がヌル文字列または 0 でなければ、$xoops_module_header の内容をこの位置に展開しなさいってことです。{if} があってもなくても同じです(正確には $zoops_module_header に 0 が代入されている場合に若干挙動が変わりますが)。

原因は、他のモジュール及びそのプリロードにあるんじゃないでしょうか。特に、静的アドレスへの変換を mod_rewrite とかじゃなくて XOOPS 側のモジュールか何かでやっているなら、そのモジュールが一番怪しそうです。