kabe さん、ありがとうございました。直りました。

でも、ふと気づいてしまったんですが、作物選択ダイアログの「分類タブ」の「上位分類含む」はチェック状態が保存されて次回起動時に反映されるのに、「検索タブ」の上位分類含はチェック状態が保存されないんですね。
タブ別にチェック状態が変わるとわかりにくいので、保存したものを検索タブにも反映するようにし、さらにどちらかのタブでチェックを変更した場合は一方のタブにも反映されるようになると使いやすそうです。この方法なら、保存／復元ルーチンを変更する必要がないので(復元時に検索タブの設定ルーチンを追加する必要があるかもしれませんが)、比較的変更が楽でしょうし…。
急ぎではないので、暇なときにでもご検討いただけるとありがたいです。