tableless3 のヘッダナビゲーションって、46 行目からじゃ…？
それはともかく、互換モジュールの全般設定で、「themes/ ディレクトリからの自動アップデートを有効にする」を「はい」にしてますか？ ここが「いいえ」のままだと、テーマ関係の html や css ファイルをいじってもすぐには反映されません。