ACFinder 110109test2/110220test の作物タブで、「近接データ非表示」チェックボックスをチェックするとエラーになり、その後の操作ができなくなります。テンポラリビューに、sakumotsu テーブルが JOIN されていないのが原因のようです。

tvTsushoTekiyoSaku なら、下記でいけるかな？

DROP VIEW IF EXISTS tvTsushoTekiyoSaku;
CREATE TEMP VIEW tvTsushoTekiyoSaku AS
SELECT DISTINCT sakumotsu,byochu,mokuteki,shurui,tsusho,jiki,baisu,ekiryo,hoho,basho,jikan,ondo,dojo,chitai,tekiyaku,kongo,kaisu,seibun1,keito1,kaisu1,seibun2,keito2,kaisu2,seibun3,keito3,kaisu3,seibun4,keito4,kaisu4,seibun5,keito5,kaisu5,yoto,koka,zaikei
FROM ttTekiyoSaku LEFT JOIN sakumotsu using(sakumotsu)
WHERE concat('、', sakumotsu, betsumei) REGEXP '(^|、|\()(....).*?(\)|、|$)' AND concat('、', sakumotsu, betsumei) NOT REGEXP '\((.*、)?(...)(、.*)?を除く';

ついでに…。
テンポラリビューを作成するだけなら、ほとんど時間はかからないので、BEGIN TRANSACTION と COMMIT TRANSACTION で挟む必要はないと思います。