昨夜の差替え版を公式サイトから県庁 LAN 経由でダウンロードしたら、ダウンロードはできたものの、危険ソフト認定されてしまいました(;_;)。Suspicious.Cloud.2 なので、新たなマルウェア検出のために疑わしきは罰するということで、危険ソフト認定されたようです。
私の Pydio サイトからは県庁 LAN 経由で問題なくダウンロードできていたので大丈夫だと思っていたんですが、県庁 LAN のセキュリティが Wiki サイトに厳し目なので、その辺も影響しているかもしれません。
完全スキャンをしてリスクゼロということも証明できたので、県庁 LAN のセキュリティ担当とのやりとりで、ACFinder 公式サイトからのダウンロードが問題なくできるようにしてもらえることになりました。

ただ、自己解凍書庫での vbscript 自動実行は怪しいソフトと思われても仕方ない部分もあるので、他県でもこのような事例が出る可能性は大です。インストーラ版は InstallShield や Windows Installer のようなメジャーなインストーラ作成ソフトで作成した方が確実かも…。無償の Visual Sutudio Express にもインストーラが附属していたと思います。