unnanfukyu さん、初めまして。
データ更新時に継続的に発生する SQL エラーは、ACFinder が古すぎて現在の農薬登録情報に対応してないよというサインです。データ更新時に SQL エラーが発生したら、まずは最新版の ACFinder に更新してみてください。
今回のエラーは正しくこのケースで、2015/04/05 版以降の ACFinder なら SQL エラーは発生しません。

今年の4月1日から、FAMIC から有効成分の魚毒性データが提供されなくなりました。これに伴い、ACFinder 2015/04/05 版からは、毒性(dokusei)テーブルの魚毒性(gyodoku)データを使用しないように修正されています。
ただ、古い ACFinder でも問題なく動作するように、11 月末までは毒性テーブルに中身を入れない魚毒性データの箱だけ残しておきました。が、半年以上経過して古い ACFinder を使っている人も少なくなっただろうということで、12月1日から魚毒性データの箱そのものを削除しました。このため、2015/04/05 版より古い ACFinder ではデータ更新の際にエラーが発生するようになったというわけです。

古い ACFinder を使っていると、問題なく動作はしていても新しく追加されたデータが見られないなんてこともあるので、常になるべく新しい ACFinder を使うようにしてください。