UI については雰囲気だけと言うことですが、１点だけ。検索タブの検索結果ですが、作物名のレベルが分かるようにしていただけるとありがたいです。

それと、SQL の修正を１点。たとえば、検索タブで「根深ねぎ」を「上位分類含む」で選択した場合、SQL が下記のようになり、根深ねぎ以外の level = 4 の作物まで検索されてしまいます。分類タブで「ねぎ、根深ねぎ、ねぎ類、ねぎ（露地栽培）」を選んだ場合も同様ですね。

SELECT idSaku FROM m_sakumotsu WHERE idSaku REGEXP '^(02000000|02990051|0299005109)'

level = 4 の作物名を含む場合、level = 3 の作物 ID は 10 桁にする必要があります。

SELECT idSaku FROM m_sakumotsu WHERE idSaku REGEXP '^(02000000|0299005100|0299005109)'

この「02000000|0299005100|0299005109」を生成するロジックを SQL だけで書くと、下記のようになります。

select concat('|', if(level = 4, idsaku, if(level < 3, substr(idsaku, 1, 8),if((select max(level) from sakumotsu where sakumotsu in ('野菜類','その他野菜類','ねぎ','根深ねぎ')) = 4, idsaku, substr(idsaku, 1, 8))))) from sakumotsu where sakumotsu in ('野菜類','その他野菜類','ねぎ','根深ねぎ')

複雑そうに見えて実行速度はほとんどかかりませんが、level = 4 を含むかどうかの判定は Delphi 側でやっちゃった方が分かりやすいですかねえ…。

select max(level) from sakumotsu where sakumotsu in ('野菜類','その他野菜類','ねぎ','根深ねぎ')

これで maxlevel を取得して、maxlevel = 4 のときは

select concat('|', if(level < 3, substr(idsaku, 1, 8), idsaku)) from sakumotsu where sakumotsu in ('野菜類','その他野菜類','ねぎ','根深ねぎ')

maxlevel < 4 のときは

select concat('|', substr(idsaku, 1, 8)) from sakumotsu where sakumotsu in ('野菜類','その他野菜類','ねぎ')

ついでに、「（○○を除く）」の削除部分ですが、新 UI では適用検索時は常に正式な作物名が使用されるので、別名を処理する必要はないはずです。上の根深ねぎの例で言うと、

concat('、', sakumotsu, betsumei) NOT REGEXP '\((.*、)?(野菜(類)?|その他野菜(類)?|ねぎ|根深ねぎ)(、.*)?を(除|のそ)く'

の部分は、

sakumotsu NOT REGEXP '\((.*、)?(野菜(類)?|その他野菜(類)?|ねぎ|根深ねぎ)(、.*)?を除く'

と単純化できます。