select * from sakumotsu where idsaku in (select min(idsaku) from sakumotsu group by substr(idsaku, 1, 8)) and substr(idsaku, 9, 2) != '00'; 

SQL タブで上記を実行すると、条件付き作物名のみ存在して、その上位の作物名が存在しない作物が８種類あることが分かります。このうち、「つげ」(ACFinder での上位「せんりょう」)と「しいのき(枯損木)」(ACFinder での上位「さんごじゅ」)は分類学上目から違うので明らかな間違いですが、他のケースは微妙なものが多いですね。

たとえば、ID=04000001?? の「花き」関係は、「花き類・観葉植物」の条件付き作物名であってもおかしくないし、「花き類」という小分類の下の条件付き作物名であっても良さそうです。
9ID=1010005?? の「穀類・豆類」関係も、今のまま「米」の下にあってもおかしくないし、「穀類」という小分類または作物名を上位に追加しても良さそうです。
前にも書いた ID=9101000601 の「葉たばこ」については、「米」の下に入ってしまうのはおかしいですが、くん蒸剤なので目くじらをたてるほどでもないかなあ…。
ID=9102* の展着剤関係、ID=9103* の一般畑作物関係は、このまま行くしかないでしょう。

ということで、「つげ」「しいのき(枯損木)」「葉たばこ」の３件を例外処理するってことでいいでしょうか？