よく分からない場合は、基本に帰りましょう。d3imgtag-041_public なら、\html\modules\d3imgtag\ajax に lightbox が入っているので、普通にインストールすれば lightbox も自動的にインストールされます。まずは、この lightbox をきっちり使用できるように d3imgtag を設定してください。

引用：オーバーレイ表示の設定ですがAJAX機能をはいにする以外にあるのでしょうか？あわせて、XOOPS CUBE の場合、preload ディレクトリに extra 下の Lightbox4imgtag.class.php をコピーする必要があります。

さらに、XOOPS CUBE の場合、イメージマネージャ統合も extra にプリロードがあるので、imagemanagere.php を書き換える必要はありません。D3imgtagTag.class.php を preload フォルダーにコピーして、IMGTag D3 のプリファレンスで「イメージマネージャ統合」を有効にします。