突然の訪問、失礼します。

ひとつ質問したく参りました。私の見落としだったら申し訳ないのですが、ダウンロードの利用はフリーなのでしょうか？
light box plusの改良版を学生団体のホームページで使用したいと考えています。

よろしくお願いします。

Lightbox+ for XCL の説明に書いてあるとおり、Lightbox+ はオリジナルの Lightbox のライセンスを引き継いでクリエイティブコモンズの表示 2.5 ライセンスとなっています。Lightbox+ for XCL もこれを引き継いでいます。
クリエイティブコモンズの表示は、「原作者のクレジット（氏名、作品タイトルとURL）を表示することを守れば、改変はもちろん、営利目的での二次利用も許可される最も自由度の高いCCライセンス。」となっていますが、オリジナルの Lightbox が原作者のクレジット表示をするようになっていないので、ソースの原作者クレジットを残しておけば、派生ソフトでも原作者のクレジット表示をしなくても良いのかなと解釈しています。
もし気になるようであれば、Lightbox+ for XCL を使用するページに、原作者(Lokesh Dhakar さん)のクレジット表示をすれば、大手を振って自由に無料で利用可能です(営利目的であっても)。原作者のほか改変者も列挙するなら、さらに SerendipityNZ さん、Takuya Otani さん、OhYeah! となります。